(2) 삼국시대 및 남북국시대

고구려, 백제, 신라의 삼국이 정립하여 패권을 다툰 기원전 1세기경부터 기원후 7세기까지를 삼국시대라 한다. 이 시기의 의학이 어떠하였는지는 구체적인 자료가 드물기 때문에 쉽게 단정 짓기는 곤난하지만, 대체로 중국과의 의학교류가 광범위하게 이루어졌다는 점을 먼저 말할 필요가 있다. 이 시기에 중국에서 간행된 본초서적들에는 인삼(人蔘), 금설(金屑), 세신(細辛), 오미자(五味子), 관동화(款冬花), 곤포(昆布) 등이 한국산이 우수하다는 점을 밝히고 있다. 그리고 『일본서기(日本書紀)』흠명주(欽明主) 22년의 기록에 고구려 평원왕 3년 (561년)에 중국 강남의 오나라 사람 지총(知聰)이 내외전(內外典), 약서(藥書), 명당도(明堂圖) 등 164권을 가지고 고구려를 거쳐 일본에 귀화하였다는 기록도 존재한다. 다음으로 말할 수 있는 것은 고구려의 시의(侍醫), 백제의 의박사(醫博士), 채약사(採藥師), 주금사(呪禁師) 등의 관직이 존재한 것으로 보아 의료제도도 체계적이었다는 점이다.

668년이 되면 신라가 나머지 두 나라를 차례로 멸망시키고 한반도에 자리를 잡고 북쪽에서는 고구려의 옛 영토에 발해가 흥기하여 남북국시대(南北國時代)가 이어지게 된다. 이 시기에는 한국최초의 의학교육기관인 “의학(醫學)”이 만들어져 체계적으로 의사를 양성하기 시작하게 되었고, 중국, 인도, 폐르시아 등 이웃나라들과 의학교류가 활발하게 되었다.